一、疮痂病
主要危害茎、叶和果实。病叶早期在叶背出现水浸状小斑，逐渐扩展近圆形或连结成不规则形黄褐色病斑，粗糙不平，病斑周围有褪绿晕圈，后期干枯质脆。茎部先出现水浸状褪绿斑点，后上下扩展呈长椭圆形，中央稍凹陷的黑褐色病斑；病果表面出现水浸状褪绿斑点，逐渐扩展，初期有油浸亮光，后呈黄褐色或黑褐色木栓化、直径0.2-0.5厘米大小近圆形粗糙枯死斑，有的相互连结成不规则形大斑块，果柄与果实连接处受害时，易落果。
病菌随病残体在田间或附着种子上越冬，第二年借风雨、昆虫传播到叶、茎或果实上，从伤口或气孔侵入危害。高温、高湿、阴雨天发病重，管理粗放，虫害重或暴风雨造成伤口多，易发病。
二、软腐病
为害茎秆，也为害果实。茎部多从整枝伤口处开始，继而向内部延伸，最后髓部腐烂，有恶臭，失水后，病茎中空。病茎维管束完整，不受侵染。果实被害果皮完整，内部果内溃烂，汁液外溢，有恶臭。
病菌寄主范围很广，除为害茄科蔬菜外，也为害十字花科蔬菜等一些蔬菜。病菌主要随病残体在土中越冬，菜株生长期间，随昆虫、雨水、灌溉水等传播，从伤口侵入。为害茎秆的，多从整枝伤口侵入;为害果实的，主要从害虫(如烟青虫幼虫)的蛀孔侵入。病菌侵入后，分泌果胶酶，使寄主细胞间的中胶层溶解，细胞分离，引起软腐。
三、细菌性溃疡病
番茄溃疡病的病果幼苗发病始于叶缘，由下部向上逐渐萎蔫，有的在胚轴或叶柄处产生溃疡状凹陷条斑，使病株矮化或枯死。成株发病，下部叶片凋萎下垂，叶片卷缩，似缺水状，有时植株一侧或部分小叶萎蔫；后期病茎杆上出现狭长的褐色条斑，上下扩展，下陷或开裂，病茎增粗，常产生大量气根，茎内中空或呈褐色，有臭味散出，严重时植株枯死。多雨或湿度大时，菌丝从病茎或叶柄中溢出或附在其上。形成白色污状物。幼果受害后皱缩、畸形、发育慢，青果上病斑圆形，外围白色，中心粗糙黑色，萼表面生坏死斑，果面可见稍隆起的“鸟眼斑”。
番茄溃疡病由棒状杆菌（属细菌）侵染致病。病菌最适宜生育温度为25-29℃，生长温度范围为1-33℃，高温、高湿、连作、排水不良利于该病流行。
四、细菌性髓部坏死
细菌性髓部坏死发病初期嫩叶褪绿，严重的植株上部褪绿和萎蔫，伴随着下部茎坏死，病茎表面初生褐色至黑褐色斑，外部变硬，纵剖病茎可见髓部变成黑色或出现坏死，维管束褐变，这些病变多发生在植株外部无病变的地方，髓部发生病变的地方则长出很多不定根。生产上当下部茎被感染时，常造成全株死亡。湿度大时菌脓从茎伤口和不定根溢出。
与溃疡的区别在于髓枯病外部无明显的病变。植株上部褪绿和萎蔫，严重时病茎表面呈黑绿色，纵剖病茎可见髓部变成黑绿色坏死，湿度大时菌脓从茎伤口和不定根溢出，别于溃疡病。病茎髓部坏死处无腐臭味。
番茄细菌性坏死病是由皱纹假单胞菌（属细菌）侵染致病，病菌初在番茄和苜蓿上存在，多在第一穗果膨大变绿的绿果期发病，栽植过密，光照不足，氮肥施用扁多，室内湿度高发病严重。
五、细菌性青枯病
青枯病受害株苗期危害症状不明显，植株开花以后，病株开始表现出危害症状。叶片色泽变淡，呈萎蔫状。叶片萎蔫先从上部叶片开始，随后是下部叶片，最后是中部叶片。发病初始叶片中午萎蔫，傍晚、早上恢复正常，反复多次，萎蔫加剧，最后枯死，但植株仍为青色。病茎中、下部皮层粗糙，常长出不定根和不定芽，病茎维管束变黑褐色，但病株根部正常。横切病茎后在清水中浸泡或用手挤压切口，有乳白色粘液溢出（病菌菌脓）。
番茄青枯病是由假单孢杆菌（属细菌）侵染所致。病菌随病残体在土壤中越冬，借雨水和灌溉水传播。发病最适宜温度为25-37℃，低于10℃，高于41℃停止发展。土壤含水量大于25%时，有利于病菌侵入，高温、高湿时为害严重；此外，连作、低洼地、排水不良、土壤缺钙、缺磷，均有利于该病害流行。
六、细菌性斑疹病
可危害叶、茎、花、叶柄和果实，尤以叶缘及未成熟果实最明显。叶片染病，产生深褐色至黑色斑点，四周常具黄色晕圈；叶柄和茎染病，产生黑色斑点；幼嫩绿果染病，初现稍隆起的小斑点，果实近成熟时，围绕斑点的组织仍保持较长时间绿色。细菌性病害。病菌在种子、病残体及土壤里越冬，并通过雨水飞溅或整枝、打杈、采收等农事操作进行传播。潮湿、冷凉条件和低温多雨及喷灌易发病。
综合防治方法：
1、培育壮苗在番茄保护地栽培中，要为番茄植株提供最适宜的环境条件，使番茄植株生长健壮，增强植株自身的抵抗力。首先应从育苗抓起，育苗床要进行根部病害消毒；使用生根育苗营养嘉美红利培育壮苗，植株健壮，减少细菌入侵的机会，降低发病概率。
2、细菌有穿透植株表皮组织的能力，从植株伤口处侵入，然后繁殖为害。因此减少伤口是预防细菌性病害的主要措施。一是在育苗环节，采用营养块育苗或营养杯育苗方法，在定植时尽量避免伤根造成伤口。二是注意防治虫害。大棚番茄及早消灭美洲斑潜蝇、蚜虫、白粉虱为害，避免在叶片上造成伤口。
3、做好定植前土壤处理工作，减少土壤内的细菌性病害的数量。因细菌性病害均有一定的潜伏性，所以要使用溴甲烷、石灰氮等进行土壤消毒、高温闷棚后再移栽定植。
4、定植后及时灌根，对于细菌性病害，前期预防是最有效的方法，可以在缓苗后使用络氨铜倍液混加68%精甲霜灵·代森锰锌水分散粒剂倍液和嘉美红利灌根，5-7天一次，连续灌根2-3次。
5、加强管理一是科学施肥，提高植株免疫能力，最好用喷滴灌系统，每亩施用嘉美赢利来5-8公斤；二是看苗浇水，视番茄的长势确定是否需要浇水，植株早晨叶尖有水珠则表示土壤水分充足，反之中午植株上部萎蔫，则表示需要浇水。在浇水上不可大水漫灌，可采用滴灌或膜下灌溉方法，既保证了番茄对水分的需求，又降低了田间湿度。三是喷洒植株叶片保护剂，如嘉美金点，改变叶片酸碱度，提高植株抗病性能。四是保持适宜温度，根据天气状况，适时调整风口大小和开放时间，使大棚温度白天保持在25-30℃，夜间保持在15℃左右。五是准确诊断，要准确区分细菌性病害造成萎蔫与缺水症状，不要把细菌性病害误认为是缺水症状，每次浇水最好不要浇白水，浇水最易传播病害，加重病害发生。
6、整枝打杈时应尽量选择晴天进行，以利于其快速风干，不给细菌留机会，植株调整后及时喷施硫酸链霉素倍液进行防治，注意喷药时着重点为叶片背面及伤口处。
7、做好雨季准备工作。因雨水中含有大量有害菌，一旦灌入棚内，很容易造成细菌性病害的传播流行。所以在雨季来临前，应检查薄膜是否有漏水处，并及时关闭风口，雨后通风散湿，降低棚内湿度，并喷施20%噻菌铜悬浮剂倍或者是77%可杀得倍或者是倍叶枯唑，进行喷药预治。
一旦发现大棚内出现细菌性病害的病株，应及时进行喷药防治。一般来说，细菌性髓部坏死可采用发病部位注射法，细菌性溃疡病发病后可通过喷药及注射防治。注射药剂可用20%络氨铜倍液混68%精甲霜灵·代森锰锌水分散粒剂倍液，喷药可用50%琥胶肥酸铜（DT）可湿性粉剂-倍液或14%络氨铜水剂倍液。细菌性青枯病一般在根部发病，可通过络氨铜水剂倍液灌根处理。科学防治坚持"预防为主、综合防治"的植保方针，棚内发现少量发病植株后，立即拔除带出棚外深埋处理，并对其他植株进行喷药预防。
